Františkáni prišli do Bratislavy po tatárskom vpáde a začali stavať asi v tretej štvrtine 13. storočia. Z tých čias pochádzajú aj obvodové múry lode a presbytéria. Kostol je jednoloďový, má románsko - gotický portál a masívne obvodové múry. Vežička bola postavená koncom 14. storočia, v 19. storočí demontovaná a umiestnená ako pavilón v Sade Janka Kráľa v Petržalke. Dnešná podoba veže je replikou originálu. V roku 1296 vysvätili kaplnku sv. Jána Evanjelistu pri Františkánskom kostole, podľa vzoru kaplnky francúzskych kráľov v Paríži.

Rehoľa klarisiek vznikla v Bratislave po roku 1297, prestúpením cisterciánok do rehole sv. Kláry. Gotický kostol je jednoloďový z 1. polovice 14. storočia. Výrazne prevýšená päťboká vežička s bohatou sochárskou výzdobou bola postavená okolo roku 1400. Dnes sa kostol využíva na výstavy a koncerty.

Dal ju postaviť v roku 1311 cistercián František z Colomby na dnešnej Michalskej ulici. Kaplnka patrila cisterciánom až do začiatku 16. storočia, potom prešla do správy kapucínom. Vnútro je pôvodné gotické, fasáda je klasicistická.