A ferencesek rendje a tatárjárás után a 13. század harmadik negyedében jött Pozsonyba. Ebből az időből származnak a templomhajó masszív gótikus oldalfalai és az eredeti gótikus szentély. A gótikus torony a 14. század végén épült, majd a 19. században lebontották és áthelyezték a ligetfalui Janko Kráľról elnevezett parkba mint pavilont. A mai neogótikus torony az eredeti másolata. 1296-ban szentelték fel a Szent János Evangelistáról elnevezett kápolnát a francia királyok híres párizsi kápolnája ihlette.
Klarisszák temploma
A klarisszák rendje Pozsonyban 1297-ben keletkezett, amikor a cisztercita apácák átléptek a Szent Klára rendjébe. Az egyhajós gótikus templom a 14. század első feléből származik. A gazdag szobordíszítésű jellegzetesen kimagasló ötszögletű gótikus oldaltorony 1400 körül lett felépítve. A templom jelenleg kiállítások és koncertek rendezvényeinek színhelye.
Szent Katalin-kápolna
Columbai Ferenc cisztercita szerzetes hagyta építteni 1311-ben a mai Mihály-kapu utcában. A 16. század elejéig a cisztercita rend tulajdona volt, később a kapucinusok gondozásába került. A kápolna belseje eredeti gótikus, klasszicista homlokzattal.